目的:分析比较西安市女性阴道卷曲乳杆菌S层蛋白的多样性及NCBI数据库中阴道来源卷曲乳杆菌S层蛋白的多样性。方法:选取100例妇科患者的阴道分泌物标本作为研究对象，从其中10例标本中分离得到480株卷曲乳杆菌，其中两株卷曲乳杆菌S层蛋白有明显差异，对其进行全基因组测序；并从NCBI数据库中下载人阴道源的卷曲乳杆菌全基因组数据，分析并比较西安市来源与数据库来源的卷曲乳杆菌S层蛋白的多样性。结果:S层蛋白注释基因具有菌株内和菌株间的多样性，同一套基因组中有多个S层蛋白注释基因，菌株间的相似性偏差较大，通过系统发育分析发现，中国人阴道卷曲乳杆菌的S层蛋白基因与其他人种的具有系统发育相似性。结论:阴道卷曲乳杆菌S层蛋白具有菌种间和菌株间多样性的特征，不同人种的卷曲乳杆菌具有相似性。